Události příběhu STALKER: Call of Pripyat začínají krátce po skončení STALKER: Shadow of Chernobyl Vláda se poté, co se objevila cesta vedoucí do nitra Zóny, rozhodla provést rozsáhlou vojenskou operaci s kódovým označením „Fairway" s cílem dostat pod kontrolu CNPP   Podle operačního plánu měla první vojenská skupina provést letecký průzkum území a zmapovat místa s výskytem anomálních polí Pak - jakmile budou mapy na světě - se měl vyslat hlavní úderný svaz   Navzdory důkladným přípravám operace selhala Většina vrtulníků z předsunutých hlídek havarovala Ukrajinská tajná služba proto vyslala do středu Zóny své agenty, aby získali informace související s nezdarem operace A od této chvíle další vývoj příběhu závisí na hráči   Fotorealisticky ztvárněná zakázaná Zóna - město Pripjať, nádraží Janov, továrna Jupiter, vesnice Kopači a další objekty vytvořené podle skutečných předloh Nový příběh, spousta zajímavých postav Rozsáhlý systém vedlejších úkolů Nové nestvůry: přízrak a bjurer Nové modely chování a nové schopnosti všech nestvůr Nový systém A-Life vytvořený na základě nejoblíbenějších prvků z prvních dvou dílů herní série Záření výrazně ovlivňuje svět v Zóně Do hry přibyla funkce spánku Nové rozhraní hráče Možnost pokračovat ve hře i po jejím dokončení v režimu volné hry Hra byla vyvinuta s využitím enginu X-Ray v 16