Hra nadväzuje na Killzone 2, kde nájdete cisára Visara, diktátora Helghastov mŕtveho pri nohách Seva a Rica. Avšak vojna tým zďaleka nekončí!! V dôsledku smrti Visariho je Helghan prenesený do sveta politických intríg, rýchlych bojov a vrážd. Teraz dvaja najmocnejší muži na Helghane bojujú za úplnú a absolútnu dominanciu, pričom Visariho vízie o Helghane je v ohrození. Vďaka obmedzeným zásobám a žiadnej reexekúcii musia ISA nielen vyhrať vojnu, ale aj prežiť!